Het Sint-Michielscollege van Schoten werd opgericht in 1959 door de paters norbertijnen van de Abdij van Averbode, onder leiding van abt Gisquière. In het Antwerpse waren zij reeds actief met het Sint-Michielscollege van Brasschaat. De naam verwees naar de voormalige norbertijnenabdij, de Sint-Michielsabdij in Antwerpen. Belangrijke pioniers waren pater rector Dockx van Brasschaat en pater Gailliaerde, die rector werd van het college van Schoten.

Aanvankelijk zag de toemalige Inrichtende Macht de onderwijsinstelling in Schoten louter als een bijschool van het college in Brasschaat. Het was de bedoeling een lagere cyclus te organiseren als tussenstap tussen de plaatselijke basisscholen en het ‘grote’ college.

Leo Verduyn, de eerste directeur, mocht in 1959 starten met 1 klas van 27 leerlingen. Hij werd daarbij omringd door een norbertijn voor de godsdienstlessen en door enkele deeltijdse leerkrachten uit het hoofdcollege. De eerste klaslokalen  (eerst in het Sint-Jozefsinstituut in de J. Hendrickxstraat, daarna even in de chirolokalen naast de Cordulakerk) werden ingericht.

In 1961 begon de inplanting in de Papenaardekensstraat en begon de rustige groei van het Sint-Michielscollege van Schoten. Het aantal leerlingen en leerkrachten groeide traag maar zeker en uiteindelijk werd ook een hogere cyclus opgericht, eerst enkel met de richting wetenschappelijke A, nadien ook met een economische en uiteindelijk ook een Latijnse richting. Het Sint-Michielscollege van Schoten was een volwaardige, aparte school geworden.

Oorspronkelijk was de school enkel voor jongens, sinds het midden van de jaren tachtig werd de school snel gemengd, met een gezond evenwicht tussen jongens en meisjes.

Ook de gebouwen werden in fasen uitgebreid met belangrijke verwezenlijkingen in het midden van de jaren tachtig, negentig en in 2009.

Sinds 1989 is het Katholiek Vlaams Onderwijs (KVO) de koepel vzw waar het schoolbestuur van het Sint-Michielscollege Schoten deel van uitmaakt. Sinds 1998 behoort de school tot de Scholengemeenschap Voorkempen.

Het Sint-Michielscollege Schoten werd een moderne school met veel oog voor een aangepaste leerlingenbegeleiding, pedagogische evoluties, een degelijke uitrusting van de klaslokalen, moderne leerlingvolgsystemen, vakoverschrijdende activiteiten en een geïntegreerd zorgbeleid. Het is een school waar het welbevinden van de leerlingen erg hoog ligt.

Eind september-begin oktober 2009 vierde het Sint-Michielscollege Schoten zijn 50-jarig bestaan met een feestelijke driedaagse.